About the Ninjask translation, the Japanese text from here : http://nokuo.blog.so-net.ne.jp/2012-02-03-1 テッカニン HP６０ 特性 からぬけ この特性は、このカードを手札から出して進化させたとき、１回使える。 自分の山札から「ヌケニン」を１枚選び、ベンチに出す。そして山札を切る。 草無 つじぎり ６０ のぞむなら、このポケモンをベンチポケモンと入れ替えてよい。 弱点炎 逃げる１
From Google Translation, the ability says that you "then shuffle your deck" そして山札を切る。 , so it looks like you don't take Shedinja from the discard pile but from the deck.